藥廠凈化車間的規劃、設計是十分重要的環節及流程，在這一環節著力可以降低凈化工程的能量消耗，是凈化達標、工程造價合理的前提。主要途徑是合理確定藥廠凈化車間的面積和恰當選擇潔凈度等級，然后根據藥廠企業具體需要，合理選擇凈化空調系統形式，準確計算冷負荷和配置節能型設備，選用先進的、能耗低的公用動力系統，設備，合理確定凈化車間建筑圍護結構，選擇能降低冷(熱)損失、氣密性好的建材和構造等。
藥廠凈化車間最好能與外界隔離，不能穿行或受其他因素干擾。藥廠凈化車間的大小依需要而定，一般由更衣間、緩沖間、風淋室和操作間組成。在實施藥廠凈化車間時，一般從建筑平面布置、食品車間結構、車間地面、通風孔器凈化設備、照明等幾個方面來考慮。做好藥廠凈化車間的建設對企業來說意義重大。
1、保證藥品不受微生物污染。懸浮在空氣中的微生大都依附在塵埃粒子表面，若不除塵控制微生物粒子，藥品的質量就難保證。特別是靜脈注射的藥品，對于生產環境的要求更高。另外，藥品生產過程中會產生各種粉塵，必須除去這些粉塵防止藥物的交叉污染和污染大氣環境。
2、為工作人員提供健康的工作環境。凈化車間調節控制空氣至合適的溫度和濕度，為生產人員提供舒適的生產勞動環境，也是藥品生產質量保證的需要。
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